Canadian Genomics Cloud launched to provide widespread access to genomics infrastructure for Canada

February 14, 2018 (Toronto, Canada) A national consortium of industry and academic collaborators announced today the launch of the Canadian Genomics Cloud (genomicscloud.ca), an integrated software platform to manage, analyze, and share genome sequence and clinical data. This public cloud computing platform, the first of its kind in Canada, promises to give every scientist in the country unfettered access to award-winning technology, empowering precision medicine and other applications in genome research.

The Canadian Genomics Cloud delivers key functionalities for genome science on the cloud, a computing paradigm that uses storage and processing resources of remote data centres that can be accessed securely over the internet. Cloud computing frees its users of substantial costs, inefficiencies, and burdens associated with maintaining hard infrastructure on-premises while providing on-demand access to massive compute capacity and a wide range of managed services.

“Exponential growth in genome sequencing is generating unprecedented volumes of data that demand cloud computing to manage and mine,” said Dr. Marc Fiume, CEO of Toronto-based DNAstack, whose team led the development of the platform to align with global standards it helped write as part of a large worldwide consortium called the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH). “With this launch we are ushering into Canada the latest technologies and standards to catalyze research and service faster than ever before.” The Canadian Genomics Cloud provides on-demand access to popular data analysis workflows like the Broad Institute’s GATK4, Verily’s Deep Variant, and Sentieon’s DNAseq. It supports machine learning through Google’s TensorFlow and secure data sharing through GA4GH Beacon and Matchmaker.

The Canadian Genomics Cloud is being developed to support CGEn, a Canadian national network of genome sequencing centres in Montreal, Toronto, and Vancouver. “We are performing whole genome sequencing on thousands of research samples across Canada and our needs to manage this big data for the community grow every day,” said Dr. Stephen Scherer, a leader of CGEn and Senior Scientist at The Hospital for Sick Children, and Professor of Medicine at the University of Toronto.

Dr. Scherer is also the Director of the recently published Personal Genomes Project Canada (personalgenomes.ca), an initiative powered by the Canadian Genomics Cloud that is building a comprehensive online public data resource that combines participants’ genome sequence data with their health information.

The platform will also be used to support SickKids Cancer Sequencing (KiCS, kicsprogram.com), a pediatric cancer genome sequencing program led by Drs. Adam Shlien and David Malkin, from The Hospital for Sick Children. “Early cancer events mark the genome with unique mutational fingerprints that can give clues to a clinical treatment plan once identified. The Canadian Genomics Cloud provides the computing capacity needed for us to train machine learning models to extract signatures from genome sequence data from tumours of children with cancer.”

The Canadian Genomics Cloud is designed to support national initiatives, which call for the co-ordinated sequencing, sharing, and analysis of genomes collected from tens of thousands of individuals from across the country. “Sharing of genomic and health-related data for biomedical research is of key importance to ensure continued progress in our understanding of human health and wellbeing,” said Dr. Bartha Knoppers, health-policy expert at McGill University and Director of CGP.

“The Global Alliance for Genomics and Health strives to make responsible, international data sharing a straightforward endeavor through a suite of technical standards and policy frameworks. It’s great to see the fruits of this mission put to practice through platforms like the Canadian Genomics Cloud,” said Peter Goodhand, CEO of GA4GH.

The Canadian Genomics Cloud lays the foundation for an ecosystem of technical integrations that will allow data to flow securely and efficiently between systems, breaking through traditional data silos and helping to maximize the value of genomics and health data collected institutionally, regionally, and across the country. The Canadian Genomics Cloud is deployed on Google’s new cloud computing facility in Montreal, which opened earlier this month, and will soon allow federated sharing and analysis of data between multiple cloud providers including Microsoft Azure and Canada’s leading clinical record vendor.

The Canadian Genomics Cloud is publicly accessible at genomicscloud.ca. Contact info@genomicscloud.ca for more information.

Lancement le Canadian Genomics Cloud afin de fournir un accès étendu à l’infrastructure en génomique au Canada

Le 14 février 2018 (Toronto, Canada) – Un consortium national de collaborateurs provenant de l’industrie et du secteur académique a annoncé aujourd’hui le lancement du Canadian Genomics Cloud (genomicscloud.ca), une plateforme logicielle qui intègre la gestion, l’analyse et le partage des données cliniques ainsi que les données sur le séquençage du génome. Cette plateforme infonuagique publique, la première du genre au Canada, permettra à tous les scientifiques au pays d’avoir un libre accès à une technologie d’avant-garde, qui soutient la précision en médecine et l’utilisation d’applications de recherche en génomique.

Le Canadian Genomics Cloud permet de remplir les fonctions essentielles à la science du génome sur un nuage informatique, un paradigme informatique qui utilise des ressources de traitement de données et d’entreposage à partir de centres de données à distance, auxquels il est possible d’accéder en toute sécurité grâce à internet. L’infonuagique permet aux utilisateurs de réduire, de façon significative, les coûts, les inefficacités et le fardeau associé à l’entretien d’une infrastructure informatique au niveau local, tout en assurant des capacités de stockage assez volumineuses pour répondre à toutes les demandes d’accès et fournir une vaste gamme de services intégrés. Des fournisseurs de services infonuagiques comme Amazon, Microsoft et Google ont établi récemment, des centres de données au Canada.

« La croissance exponentielle dans le secteur du séquençage du génome génère une quantité de données sans précédent, une demande à laquelle l’infonuagique peut répondre, pour permettre la gestion et l’extraction des données », déclare le Dr Marc Fiume, PDG de DNAstack, basée à Toronto, dont l’équipe a dirigé le développement de la plateforme pour qu’elle réponde aux normes internationales, auxquelles elle a contribué, dans le cadre des travaux d’un grand consortium mondial nommé le Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH). « Ce lancement permet d’inaugurer, au Canada, les technologiques soumises aux normes les plus récentes afin de favoriser la recherche grâce à une rapidité de service encore jamais vu. » Le Canadian Genomics Cloud permet un accès sur demande dans le cadre de processus d’analyse de données comme le GATK4 du Broad Institute, le Deep Variant de Verily et DNAseq de Sentieon. Il permet l’utilisation de l’apprentissage automatique grâce à TensorFlow de Google et le partage sécuritaire des données grâce à GA4GH Beacon et Matchmaker.

Le Canadian Genomics Cloud est développé afin de subvenir aux besoins de CGEn, un réseau canadien national pour les centres de séquençage du génome à Montréal, Toronto et Vancouver. « Nous procédons à tout le séquençage du génome à partir de milliers d’échantillons de recherche à travers le Canada et nos besoins de pouvoir gérer ces mégadonnées pour l’ensemble de la communauté sont en croissance constante, » déclare le Dr Stephen Scherer, dirigeant à CGEn, scientifique principal au Hospital for Sick Children et professeur de médecine à l’Université de Toronto. 

Le Dr Scherer est aussi le directeur de l’initiative supportée par le Canadian Genomics Cloud, mise en ligne récemment, le Personal Genomes Project Canada (personalgenomes.ca), qui élabore une vaste base de données publique reliant les données du séquençage du génome des participants avec leurs renseignements médicaux. 

La plateforme est utilisée aussi pour répondre aux besoins du SickKids Cancer Sequencing (KiCS, kicsprogram.com), un programme de séquençage du génome pour le cancer pédiatrique, dirigé par les Drs Adam Schlien et David Malkin de l’Hospital for Sick Children. « Les épisodes de cancer en bas âge laissent des traces de mutation génétique uniques qui, une fois identifiées, peuvent donner des indices qui aident au développement d’un programme de traitement clinique. Le Canadian Genomics Cloud possède les capacités informatiques nécessaires pour former des modèles d’apprentissage automatique afin d’extraire les signatures à partir des données du séquençage du génome des tumeurs chez les enfants qui ont le cancer. »

Le Canadian Genomics Cloud possède les capacités informatiques nécessaires pour former des modèles d’apprentissage automatique afin d’extraire les signatures à partir des données du séquençage du génome des tumeurs chez les enfants qui ont le cancer.

Le Canadian Genomics Cloud est conçu pour répondre aux besoins d’initiatives nationales qui requièrent le séquençage, le partage d’information et l’analyse du génome provenant de dizaines de milliers de personnes à travers le pays, de façon coordonnée. « Le partage de données sur le génome et des renseignements médicaux pour la recherche biomédicale, est essentiel pour assurer l’avancement de notre compréhension de la santé et du bien-être humain, » déclare la Dre Bartha Knoppers, experte en politique de la santé de l’Université McGill et directrice du CGP.

« Le Global Alliance for Genomics and Health s’efforce de faire du partage responsable de données au niveau international, une expérience assez simple, grâce à un cadre de politiques et une série de normes techniques. C’est agréable de constater que les fruits de ce travail sont mis en pratique dans des plateformes comme le Canadian Genomics Cloud, » déclare Peter Goodhand, PDG de GA4GH.

Le Canadian Genomics Cloud pose les bases pour un écosystème de intégration de la technologie qui permettre données à flux avec sécurité et efficacité entre les systèmes, briser les silos de données traditionnels et aider à maximiser la valeur des données sur la génomique et la santé recueillies au niveau institutionnel, régional et dans l’ensemble du pays. Le Canadian Genomics Cloud est hébergé dans les nouvelles installations informatiques de Google à Montréal, qui a été ouvertes plus tôt ce mois-ci. Il la permettra bientôt le partage et analyse des données entre plusieurs les nuages informatiques, y compris Microsoft Azure et fournisseur principal de dossiers de la clinique du Canada.

Le Canadian Genomics Cloud est accessible sur réseau public au genomicscloud.ca. Pour plus de renseignements, veuillez contacter info@genomicscloud.ca.